由於全球氣候急遽變遷以及人類對地球環境的不當利用，已經造成物種的快速滅絕以及生態系的劣化。為配合國際「生物多樣性公約」積極拯救瀕危物種，並使台灣的生物農業資源和經濟活動得以取得平衡並永續發展，李遠哲前院長及美國國家科學院Peter Raven院士於2000年5月在中研院召開了「台灣生物多樣性願景國際研討會」。會中建議中央研究院應成立新的研究所以推動生物多樣性之研究、保育與教育工作。2001年立法院通過中研院可設置生物多樣性研究中心，並於2004年1月1日正式成立「中央研究院生物多樣性研究中心」。

　　除了由個別研究員所主持的生態或演化領域之實驗室，中央研究院生物多樣性研究中心目前擁有中央研究院生物多樣性研究博物館、鴛鴦湖野外工作站、海洋科學專題中心－綠島海洋研究站及系統分類暨生物多樣性資訊專題中心，可以支援國際多樣性之研究，進而參與全球重要生態系統的長期生態資料之收集與分析工作。在科學期刊的出版方面，生物多樣性研究中心發行國際學術期刊「動物學研究」(Zoological Studies) ，為動物生態及演化領域提供高品質學術服務。